Abstract: Desde la economía de la innovación se ha apuntado a los incoming spillovers como uno de los factores más importantes para incentivar a las firmas a realizar acuerdos de cooperación en innovación (I+D). A partir de esta idea, la presente investigación empírica buscó analizar los efectos heterogéneos de los distintos tipos de spillovers (públicos, institucionales, verticales y horizontales) sobre la decisión de cooperación en innovación de las firmas chilenas. Para ello se analizó el efecto de los spillovers sobre distintos tipos de acuerdos de cooperación realizados por Pymes y grandes empresas. Usando la 8va Encuesta de Innovación (2011-2012) y aplicando un modelo Probit con variables instrumentales para cada uno de los spillovers, se encontró que efectivamente existen efectos heterogéneos de los distintos incoming spillovers sobre la realización de acuerdos de cooperación en innovación. En particular, destaca que el efecto de los spillovers institucionales es mayor para las pequeñas y medianas empresas, lo que sugiere la importancia del flujo de conocimiento desde universidades e institutos de I+D sobre la realización de cooperación en I+D.